当寺は山号を一切経山とする浄土宗の寺院。奈良時代、天平年間に行基が東岩倉山（左京区）の一切経谷に創建した阿弥陀堂に起源をもち「上の堂」とも称しました。伝えでは、行基は丈六の阿弥陀如来像を彫ったとされています。応仁の乱で、東岩倉山一帯は戦場となり、当寺は荒廃した。伝えによると焼けた御堂から首だけになった阿弥陀如来像を信者達が見つけだし、それを粟田の地に本尊を遷し、仮堂（粟田惣堂）を建て蔣(こも)（菰）を敷き、その上に阿弥陀如来の頭部像を祀ったところから、今も蹴上には「小物座（蔣座）町」という地名が残ると言います。

以降、地元の住民たちによって御堂は守られ信仰されてきましたが、慶長七年（一六〇二）に岌然（きゅうねん)上人が、青蓮院門跡の許可を得て、現在の地に堂を移し寺を再興しました。　正徳三年（一七一三）には本尊が修復され、享保十五年（一七三〇）には本堂が建立され、現在に至ります。